Par défaut Netbeans (pour ma part Netbeans 7.3) affiche certains types de fichiers dans l'explorateur. Le fichier .gitignore n'en fait pas partie, ce qui n'est pas très pratique.
Heureusement, les fichiers affichés sont défini par un pattern, qui peut être configuré dans les préférences de Netbeans :
Allez dans Outils > Options > Divers, puis dans "Fichiers ignorés par l'IDE" modifier le pattern pour l'adapter à vos besoins :
^(CVS|SCCS|vssver.?\.scc|#.*#|%.*%|_svn)$|~$|^\.(?!(htaccess|gitignore)$).*$
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